1.栽培周期長；香菇栽培周期約160 天，其中菌絲培養(yǎng)階段（包括轉(zhuǎn)色）為120 天（培養(yǎng)時間少于120 天，頭潮菇畸形率高)，出菇階段40 天（采收2 潮，隨后幾潮，在自然季節(jié)時，可置于室外建棚栽培），是目前所有工廠化栽培菌類中栽培周期最長的。全年復(fù)種指數(shù)較低，資金周轉(zhuǎn)緩慢的品種。
2.難以穩(wěn)定地同步實現(xiàn)菌棒轉(zhuǎn)色；轉(zhuǎn)色是香菇代料栽培的極重要環(huán)節(jié)，是菌棒表層菌絲內(nèi)多酚氧化酶氧化“褐變”的結(jié)果，在菌棒的表面形成具有一定韌性的褐色菌膜，代替椴木樹皮，起保濕作用；否則，出菇困難。香菇轉(zhuǎn)色需要充足氧氣和散射光，自然季節(jié)性栽培，菇棚需要有“三分陽，七分陰”，“花花細雨淋得入”，才能制造出褐色的“人造樹皮”。在室內(nèi)進行工廠化周年栽培，難以滿足這種轉(zhuǎn)色條件，轉(zhuǎn)色穩(wěn)定性、同步性相當差。這是香菇工廠化栽培的難點之一。日本部分工廠化栽培企業(yè)，也是在適宜的季節(jié)里進行工廠化栽培，將生理成熟的菌床置入屋檐下或在室外建棚進行轉(zhuǎn)色，足見光線、氧氣對轉(zhuǎn)色的重要性。這種移動式做法也費時，費工。
3.不定點出菇；香菇出菇不定點、分批次，第一潮菇產(chǎn)量僅占總采收量的25%～33%，明顯不同于金針菇、杏鮑菇等的僅一次采收就達到總產(chǎn)量的80%，無法一次性采收結(jié)束。采收同等重量菇，香菇所耗工時是金針菇的12 倍、杏鮑菇的8 倍，企業(yè)采收成本高。采用全脫袋栽培模式有時會爆發(fā)出菇，出菇數(shù)量雖然增加，但菌床營養(yǎng)供應(yīng)分散，菇蓋偏薄、偏小。為了保證鮮菇的品質(zhì)，使鮮菇直徑達到3.5 厘米以上，只能分次采收。
4.菌床補水困難；香菇菌床培養(yǎng)階段失水率約1.5%，出菇階段因不同菌床的表面積不同，失水率不同。而香菇好氧，出菇階段二氧化碳體積濃度須控制在0.12%以下，所需通風量大，必然增加菌床失水量。國內(nèi)曾采用涂蠟、保水膜等措施保水，但由于物質(zhì)殘留，食品安全不允許，因此，依然采取注水方式補水。日、韓工廠化栽培采用浸泡工藝，但費時費工。
5.優(yōu)質(zhì)菇和普通鮮菇的售價拉不開；工廠化栽培要依靠電力和設(shè)備，我國電費在生產(chǎn)成本中占40%以上，與日本、韓國的低電價相比， 成本過高，所獲得的利潤低。國內(nèi)鮮菇的價格低迷，每千克批發(fā)價僅在7（冬季）～15 元（夏季）之間波動，平均價格每千克10 元，仍占普通消費者可支配收入的2.5‰而日本批發(fā)市場的鮮香菇價格相當于每千克70 元人民幣。國內(nèi)鮮香菇市場比較飽和，低價才是硬道理。優(yōu)質(zhì)香菇與統(tǒng)菇的價位難拉開，降低了香菇工廠化開發(fā)的意義。
6.適度規(guī)模嘗試性開發(fā)；香菇工廠化栽培工藝還沒有成熟，還需不斷改進，只能夠進行適度規(guī)模嘗試。此外，香菇采收后的后熟發(fā)熱現(xiàn)象十分嚴重，在非冷藏情況下，數(shù)小時內(nèi)，品質(zhì)不斷下降。國內(nèi)現(xiàn)階段冷鏈運輸不完善，難以保證鮮香菇產(chǎn)品的貨架品質(zhì)。因此，只適合在省會城市周邊中高海拔地區(qū)進行適度開發(fā)性栽培。近期有人采用雙棚結(jié)構(gòu)，在光伏板下種植香菇，小區(qū)試驗取得成功，但只是在栽培季節(jié)進行。而一般的光伏園區(qū)面積有數(shù)百畝（1 畝≈667 平方米）之大，全部種植香菇，木屑資源、勞動力、運輸成本、管理成本都是大問題。大面積光伏棚下季節(jié)性種香菇，結(jié)局必然難能樂觀。
結(jié) 語；上述原因特別是企業(yè)設(shè)備重復(fù)利用指數(shù)過低，目前技術(shù)尚無法做到周年重復(fù)流水線生產(chǎn)，投資回收期長，投入產(chǎn)出比偏低，使得企業(yè)難以生存。現(xiàn)有已知的所謂香菇工廠化，也多是商業(yè)噱頭，或僅是菌棒（包）制作中心，集中制作菌棒（包）分散給農(nóng)戶栽培而已，離真正的香菇工廠化栽培有相當大的距離。
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