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　　江蘇大學(xué)應(yīng)用微生物研究所于2012年5月獲得江蘇大學(xué)批準(zhǔn)成立，依托江蘇大學(xué)生科院，相對(duì)獨(dú)立運(yùn)行，研究所下設(shè)微生物飼料研究中心和微生物化工研究室。
　　研究所近期發(fā)展目標(biāo)：五年左右把江蘇大學(xué)微生物飼料研究中心建設(shè)成省級(jí)微生物飼料工程中心；微生物化工研究室建設(shè)成省內(nèi)有一定特色化工酶研發(fā)機(jī)構(gòu)。成功申報(bào)863級(jí)別的國(guó)家級(jí)項(xiàng)目二項(xiàng)，省部級(jí)一等獎(jiǎng)以上若干項(xiàng)，并在江蘇省飼料業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)、農(nóng)副產(chǎn)品加工業(yè)產(chǎn)生一定的影響力和經(jīng)濟(jì)效益。
　　研究所遠(yuǎn)期發(fā)展目標(biāo)：微生物化工酶在中國(guó)有一席之地；成功申報(bào)國(guó)家級(jí)微生物飼料工程中心，并在中國(guó)產(chǎn)生巨大社會(huì)和企業(yè)影響力，引領(lǐng)新一輪飼料業(yè)和養(yǎng)殖業(yè)革命——生物飼料浪潮。有效促進(jìn)解決民生問題、環(huán)保問題、糧食問題、三農(nóng)問題和食品安全問題，引領(lǐng)飼料業(yè)和養(yǎng)殖業(yè)的重大革新！微生物飼料學(xué)術(shù)水平、工程工藝水平處于國(guó)際領(lǐng)先。
　　目前研究所有具有博士學(xué)位的研究人員10多位，正組建具有多學(xué)科交叉、國(guó)際和國(guó)內(nèi)人才相結(jié)合的較強(qiáng)創(chuàng)新能力的科研團(tuán)隊(duì)，陳華友博士為江蘇大學(xué)應(yīng)用微生物研究所首任所長(zhǎng)，并進(jìn)一步向海內(nèi)外招聘微生物飼料英才加盟，目前研究所承擔(dān)國(guó)家973項(xiàng)目子課題兩項(xiàng)，長(zhǎng)三角聯(lián)合攻關(guān)重大項(xiàng)目，江蘇省農(nóng)業(yè)支撐重點(diǎn)項(xiàng)目， 國(guó)家基金等項(xiàng)目，并同福建、江蘇等部分生物飼料企業(yè)建立產(chǎn)學(xué)研戰(zhàn)略聯(lián)盟。
　　研究所主要以枯草芽孢桿菌、酵母菌、霉菌、乳酸菌、雙歧桿菌等為材料開展研究工作，發(fā)展微生物育種新方法和新技術(shù)，選育在工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中有重大應(yīng)用價(jià)值的優(yōu)良菌種，用于新型微生物飼料，部分產(chǎn)品已產(chǎn)業(yè)化。將進(jìn)一步大力研究益生菌菌群內(nèi)部的協(xié)同或拮抗作用，及對(duì)雜菌的拮抗作用，根據(jù)現(xiàn)代系統(tǒng)生物學(xué)技術(shù)（基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和代謝組學(xué)等）研究工農(nóng)業(yè)微生物的代謝調(diào)控機(jī)制或益生菌發(fā)酵及益生作用的菌群變化規(guī)律，及益生菌對(duì)動(dòng)物的作用機(jī)制，同時(shí)大力研究纖維質(zhì)農(nóng)副業(yè)廢棄物的發(fā)酵利用，用于生物飼料生產(chǎn)。
　　研究所主要以枯草芽孢桿菌芽孢為主要載體進(jìn)行表面展示表達(dá)，以酶學(xué)計(jì)算機(jī)模擬理性設(shè)計(jì)指導(dǎo)突變?yōu)橹饕侄危r(jià)廉物美的新型生物化工酶。