主要通過(guò)肉眼觀察菌絲的生長(zhǎng)情況和用鼻聞菌種的氣味等方式來(lái)鑒定區(qū)別菌種。一般優(yōu)良的菌種應(yīng)具有種性純、菌絲健壯、分枝濃密、生長(zhǎng)整齊、色澤濃白、無(wú)雜菌感染、無(wú)老化現(xiàn)象，同時(shí)具有香菇菌絲的的清香味。
1.看菌種顏色：首先看未長(zhǎng)滿(mǎn)的菌絲的生長(zhǎng)邊緣顏色均勻一致，沒(méi)有雜菌侵染現(xiàn)象；再看長(zhǎng)滿(mǎn)菌絲的袋或瓶的表面顏色均勻一致，沒(méi)有象云團(tuán)樣的雜菌混合菌團(tuán)；如果直觀看到的菌絲比較細(xì)弱，菌絲走過(guò)，明顯看到培養(yǎng)料未被菌絲包圍或覆蓋，說(shuō)明 培養(yǎng)料營(yíng)養(yǎng)不良，此類(lèi)菌絲活性較差，接種后容易擴(kuò)散雜菌或污染雜菌。
接種期間，如果發(fā)現(xiàn)白色菌塊中有灰色、黃色、綠色等比較明顯的異色菌塊，說(shuō)明菌種培養(yǎng)過(guò)程中有雜菌感染現(xiàn)象，此類(lèi)菌種應(yīng)停止使用，防止含雜菌的菌種擴(kuò)散。此類(lèi)菌種大多由小型個(gè)體戶(hù)生產(chǎn)，采用“大室接種”制種、或培養(yǎng)料中摻加雜菌原料而滅菌不徹底、為防止雜菌擴(kuò)散，而采取偏低溫度培養(yǎng)，都極易發(fā)生這種現(xiàn)象。
在低溫培養(yǎng)條件下，黑曲霉菌絲被香菇菌絲覆蓋后變成淺灰色，黃曲霉菌絲被覆蓋后變成淡黃色，木霉、青霉菌絲被覆蓋后變成淡綠色。瓶裝菌種可以看到比較清晰的雜菌被覆蓋后的菌團(tuán)外環(huán)輪廓線(xiàn)；用聚乙烯塑料袋生產(chǎn)的菌種，從顏色上不容易分辨出是否包含有雜菌，尤其是長(zhǎng)毛菌被香菇菌絲覆蓋后的顏色變得格外潔白鮮亮，更不容易被發(fā)現(xiàn)。
春栽香菇采用的是中低溫品種，菌絲體在5-25℃條件下均可以生長(zhǎng)，而接種過(guò)程消毒不好、或滅菌不徹底、或“開(kāi)放式接種”，形成含帶大量隱性雜菌的菌種。在低溫環(huán)境中培養(yǎng)，上述各種雜菌菌絲，就會(huì)被香菇菌絲覆蓋，而不容易被分辨和挑選。因此，母種和原種全部選用透明度較高的玻璃瓶生產(chǎn)，有利于挑選雜菌，培養(yǎng)純菌種。
2.看菌絲形態(tài)：吃料邊緣整齊、菌絲潔白、濃密粗壯、生長(zhǎng)旺盛，說(shuō)明培養(yǎng)基原料營(yíng)養(yǎng)豐富，菌絲具有較強(qiáng)的生命力。如果菌絲生長(zhǎng)稀疏，說(shuō)明培養(yǎng)料中具有不適宜條件，例如培養(yǎng)料配方不適宜、營(yíng)養(yǎng)不良、拌料不均勻、雜菌干擾、PH值不適等現(xiàn)象；如果菌絲停止生長(zhǎng)，并有明顯的邊沿線(xiàn)或拮抗線(xiàn)，說(shuō)明培養(yǎng)原料已被雜菌嚴(yán)重污染。
3.聞菌種氣味：瓶式或塑料袋式生產(chǎn)的純香菇菌種，均可以聞到菌絲體散發(fā)出來(lái)的一種微甜而清香的菇香味。如果培養(yǎng)環(huán)境中含有大量的雜菌，生產(chǎn)的香菇菌種就沒(méi)有上述氣味，反而是各種雜菌所產(chǎn)生的霉變氣味；如果是發(fā)甜且令人發(fā)嘔的味道，則說(shuō)明有鏈孢霉的發(fā)生。這是鑒別菌種培養(yǎng)環(huán)境是否達(dá)到“無(wú)菌化”，無(wú)雜菌干擾培養(yǎng)純菌種，既簡(jiǎn)單又直接的方法。如果聞到微酸的氣味，說(shuō)明菌種培養(yǎng)基已經(jīng)酸化，菌種成偏酸性，PH值低于5.5，可能影響菌種萌發(fā)效果，甚至不會(huì)萌發(fā)。
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