一是培養(yǎng)土不合理。羊肚菌發(fā)生地的土壤類型有沙質(zhì)潮土、壤質(zhì)潮土、黏質(zhì)潮土、沙質(zhì)壤土、褐壤等含腐殖質(zhì)較多的土壤。種植羊肚菌應(yīng)該制作添加生石灰的偏堿性的營(yíng)養(yǎng)土。營(yíng)養(yǎng)土的制作過程：木屑（腐熟的牛糞或廢菌棒料渣發(fā)酵）、麩皮、生石灰、石膏、玉米芯等，這些物質(zhì)與表層土一起配合為疏松的營(yíng)養(yǎng)土，并在營(yíng)養(yǎng)土中加入蠅蛆速殺等殺蟲藥物（防治白蟻、螻蛄、蠐螬、金針蟲、地老虎、蝸牛）；
合格營(yíng)養(yǎng)土的標(biāo)準(zhǔn)：澆水后，用手輕握呈團(tuán)狀，用手掌輕拍呈顆粒狀，把合格營(yíng)養(yǎng)土堆積呈15厘米高，寬80厘米的畦埂，畦埂與畦埂相隔20厘米，這樣有利于澆水和排水，也有利采摘羊肚菌。
二是通風(fēng)管理不合理。羊肚菌屬好氧型真菌，子實(shí)體發(fā)育階段需要通氣良好。當(dāng)二氧化碳濃度高時(shí)，子實(shí)體會(huì)出現(xiàn)瘦小、畸形甚至死亡。足夠的氧氣對(duì)羊肚菌的正常生長(zhǎng)發(fā)育必不可少，因此保持棚內(nèi)良好的通風(fēng)條件和土壤通透性至關(guān)重要。但要注意通風(fēng)和溫度的協(xié)調(diào)關(guān)系，既要通風(fēng)，又要保溫，菇蕾幼小時(shí)，通風(fēng)量過大會(huì)造成頂尖干死。
三是子實(shí)體生長(zhǎng)期間沒有補(bǔ)充合理的營(yíng)養(yǎng)。在子實(shí)體生長(zhǎng)時(shí)使用含多種微生物活性酶、維生素A、B、D、氨基酸、核酸、活性果糖、葡萄糖等營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的營(yíng)養(yǎng)袋，首先建立有益菌群，促進(jìn)菌絲健壯，讓菌絲體在土壤里面的營(yíng)養(yǎng)轉(zhuǎn)化能力增強(qiáng)，促進(jìn)羊肚菌生長(zhǎng)速度加快，營(yíng)養(yǎng)袋里面的營(yíng)養(yǎng)成分被羊肚菌的子實(shí)體全面充分吸收，讓羊肚菌的菇蕾更多，大小均勻，干物質(zhì)含量提高，更有韌性，味道更加鮮美。
四是溫度和光線管理要加強(qiáng)。溫度方面不太好控制，溫室、大棚調(diào)節(jié)控制溫度稍好一些，露天種植羊肚菌對(duì)溫度調(diào)節(jié)控制基本為零。光線可以通過遮陰網(wǎng)來調(diào)節(jié)控制，子實(shí)體形成和生長(zhǎng)發(fā)育需要一定的散射光，七分陰三分陽的光照條件適宜羊肚菌生長(zhǎng)。
五是大棚內(nèi)的空氣濕度和土壤濕度不夠。這種情況尤其容易出現(xiàn)在露天種植和太陽能大棚羊肚菌種植上，空氣濕度一直達(dá)不到70--85%的時(shí)候，菇蕾特別容易死亡（尤其在溫度持續(xù)升高的時(shí)候），這時(shí)候應(yīng)考慮噴淋設(shè)備或者是霧化裝置進(jìn)行增濕。土壤方面要隨時(shí)注意，一旦濕度降低要隨時(shí)滴灌或者澆水。
另外，羊肚菌栽培田地不宜連作，如果一塊地連續(xù)種植，土壤有效成分消耗大，殘留物積累多，病蟲害會(huì)加劇，必將導(dǎo)致羊肚菌出菇較小、較少，甚至不出菇。因此，為避免連作障礙，提倡菌、蔬或菌、糧輪作，可殺死大量有害微生物，同時(shí)改變土壤結(jié)構(gòu)和PH值。
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