一、傳染源
食用菌生產中的污染，實際就是一種病理性病害，既然是病理性病害，就一定有病原菌。采取各種措施減少食用菌生產中的病原菌，是預防污染的重要措施。
食用菌生產中的主要傳染源：
1、正常空氣
正常的空氣中也是有各種雜菌的，但是正常的空氣中的雜菌含量是在一定范圍以內的。因為正?？諝庵须s菌受到存活時間、不良環(huán)境等因素的影響，這些雜菌的萌發(fā)和繁殖能力并不是很強，因此在一個新場地開始種植食用菌的時候污染都會比較少。
2、生產環(huán)境的空氣
食用菌生產的環(huán)境，會隨著食用菌生產的進行空氣中的雜菌數(shù)量逐漸增多，這也為什么老場地污染不容易控制的原因。我們要做的就是盡量保持食用菌生產環(huán)境中的空氣和正?？諝庵械碾s菌數(shù)量一樣，好環(huán)境也能變成壞環(huán)境，壞環(huán)境也會變成好環(huán)境。
3、菌包污染后產生的孢子
食用菌生產污染以后，雜菌的菌絲成熟，會產生新的孢子，這些孢子跟隨空氣飄散，成為新的傳染源。新產生的霉菌孢子和正?？諝庵械逆咦佑兴煌?，一是數(shù)量多，二是活力強，這是導致爆發(fā)性污染的主要原因。
4、菌種
無論是固體菌種，還是液體菌種，如果其本身污染，接種以后就成為了重要傳染源。菌種的純度是菌種最為重要的一個指標，特別是液體菌種必須經過嚴格的檢測以后才能使用。
5、滅菌
原材料，本身不可能是無菌的，所以對于熟料栽培必須進行徹底的滅菌。如果，滅菌不徹底，菌包內殘留一些雜菌在培養(yǎng)期間會逐漸繁殖生長，導致污染。
6、人員攜帶
在出鍋、接種等環(huán)節(jié)中，生產人員的衣服、工具、手等消毒不徹底，可能會導致污染。人員導致的污染數(shù)量一般不會很多，不會引起爆發(fā)式污染，但也要重視，否則會導致菌包污染后產生孢子，形成嚴重的污染。
二、傳播途徑
傳播途徑，是指傳染源是如何侵入感染者的，也就是如何通過外部空氣進入菌包的。采取各種措施，切斷傳播途徑，阻止病原菌進入菌包內部，是減少污染的重要措施。
外部進入
1、隨著空氣從袋口進入
在出鍋、冷卻、接種、培養(yǎng)等環(huán)節(jié)，傳染源（雜菌）隨著空氣從袋口進入菌包內部導致污染。因此，菌包（瓶）的封口方式就非常重要了，因為菌絲也是需要呼吸的，想要阻止空氣的進入是不可能的，所以選擇具有良好過濾效果的封口方式就是減少污染的重要措施。
2、隨著菌種從袋口進入
在接種環(huán)節(jié)，袋（瓶）口必然要打開，傳染源（雜菌）除了跟隨空氣進入，還可以跟隨菌種、接種工具等進入菌包導致污染。因此，接種過程中的無菌操作就是阻止傳染源（雜菌）隨著菌種進入菌包的重要且唯一的措施。
3、從菌袋破損或者微孔進入
在出鍋、冷卻、接種、培養(yǎng)等環(huán)節(jié)，傳染源（雜菌）隨著空氣從菌袋破損或者微孔進入菌包內部導致污染。這也是原種為什么用菌種瓶的原因，也是瓶栽的污染率更容易控制的主要原因，盡量避免菌袋破損和微孔，是切斷雜菌進入菌包（瓶）的重要措施。
內部進入
傳染源（雜菌），除了從外部侵染，菌包（瓶）內部自身出現(xiàn)污染的，只有一種可能，就是滅菌不徹底。這個傳播途徑比較容易理解和判斷，解決的辦法就是合理的預濕和保證滅菌溫度、時間。
三、容易感染的菌包（瓶）
在食用菌生產中，感染者就是菌包（瓶），如果菌包（瓶）不適合菌絲生長，菌絲長勢較弱，就容易被污染。因此，提供菌絲最適合生長的培養(yǎng)基，比如：營養(yǎng)、ph、含水量等，滿足菌絲生長的環(huán)境條件，比如：溫度、濕度、通風等。降低食用菌污染率，不同規(guī)模、不同地區(qū)、不同栽培方式等具體措施各不相同，不可能有統(tǒng)一的方案，但是從原理上就要從以上3點著手，總結成一句話：減少污染源，切斷傳播途徑，減少易感菌包（瓶）。
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