（一）栽培周期長(zhǎng)
香菇栽培周期約160 天，其中菌絲培養(yǎng)階段（包括轉(zhuǎn)色）為120 天（培養(yǎng)時(shí)間少于120 天，頭潮菇畸形率高)，出菇階段40 天（采收2 潮，隨后幾潮，在自然季節(jié)時(shí)，可置于室外建棚栽培），是目前所有工廠化栽培菌類中栽培周期最長(zhǎng)的。全年復(fù)種指數(shù)較低，資金周轉(zhuǎn)緩慢的品種。
（二）難以穩(wěn)定地同步實(shí)現(xiàn)菌棒轉(zhuǎn)色
轉(zhuǎn)色是香菇代料栽培的極重要環(huán)節(jié)，是菌棒表層菌絲內(nèi)多酚氧化酶氧化“褐變”的結(jié)果，在菌棒的表面形成具有一定韌性的褐色菌膜，代替椴木樹(shù)皮，起保濕作用；否則，出菇困難。
香菇轉(zhuǎn)色需要充足氧氣和散射光，自然季節(jié)性栽培，菇棚需要有“三分陽(yáng)，七分陰”，“花花細(xì)雨淋得入”，才能制造出褐色的“人造樹(shù)皮”。在室內(nèi)進(jìn)行工廠化周年栽培，難以滿足這種轉(zhuǎn)色條件，轉(zhuǎn)色穩(wěn)定性、同步性相當(dāng)差。這是香菇工廠化栽培的難點(diǎn)之一。
日本部分工廠化栽培企業(yè)，也是在適宜的季節(jié)里進(jìn)行工廠化栽培，將生理成熟的菌床置入屋檐下或在室外建棚進(jìn)行轉(zhuǎn)色，足見(jiàn)光線、氧氣對(duì)轉(zhuǎn)色的重要性。這種移動(dòng)式做法也費(fèi)時(shí)，費(fèi)工。
（三）不定點(diǎn)出菇
香菇出菇不定點(diǎn)、分批次，第一潮菇產(chǎn)量?jī)H占總采收量的25%～33%，明顯不同于金針菇、杏鮑菇等的僅一次采收就達(dá)到總產(chǎn)量的80%，無(wú)法一次性采收結(jié)束。采收同等重量菇，香菇所耗工時(shí)是金針菇的12 倍、杏鮑菇的8 倍，企業(yè)采收成本高。采用全脫袋栽培模式有時(shí)會(huì)爆發(fā)出菇，出菇數(shù)量雖然增加，但菌床營(yíng)養(yǎng)供應(yīng)分散，菇蓋偏薄、偏小。為了保證鮮菇的品質(zhì)，使鮮菇直徑達(dá)到3.5 厘米以上，只能分次采收。
（四）菌床補(bǔ)水困難
香菇菌床培養(yǎng)階段失水率約1.5%，出菇階段因不同菌床的表面積不同，失水率不同。而香菇好氧，出菇階段二氧化碳體積濃度須控制在0.12%以下，所需通風(fēng)量大，必然增加菌床失水量。國(guó)內(nèi)曾采用涂蠟、保水膜等措施保水，但由于物質(zhì)殘留，食品安全不允許，因此，依然采取注水方式補(bǔ)水。日、韓工廠化栽培采用浸泡工藝，但費(fèi)時(shí)費(fèi)工。
（五）優(yōu)質(zhì)菇和普通鮮菇的售價(jià)拉不開(kāi)
工廠化栽培要依靠電力和設(shè)備，我國(guó)電費(fèi)在生產(chǎn)成本中占40%以上，與日本、韓國(guó)的低電價(jià)相比， 成本過(guò)高，所獲得的利潤(rùn)低。國(guó)內(nèi)鮮菇的價(jià)格低迷，每千克批發(fā)價(jià)僅在7（冬季）～15 元（夏季）之間波動(dòng)，平均價(jià)格每千克10 元，仍占普通消費(fèi)者可支配收入的2.5‰而日本批發(fā)市場(chǎng)的鮮香菇價(jià)格相當(dāng)于每千克70 元人民幣。國(guó)內(nèi)鮮香菇市場(chǎng)比較飽和，低價(jià)才是硬道理。優(yōu)質(zhì)香菇與統(tǒng)菇的價(jià)位難拉開(kāi)，降低了香菇工廠化開(kāi)發(fā)的意義。
（六）適度規(guī)模嘗試性開(kāi)發(fā)
香菇工廠化栽培工藝還沒(méi)有成熟，還需不斷改進(jìn)，只能夠進(jìn)行適度規(guī)模嘗試。此外，香菇采收后的后熟發(fā)熱現(xiàn)象十分嚴(yán)重，在非冷藏情況下，數(shù)小時(shí)內(nèi)，品質(zhì)不斷下降。國(guó)內(nèi)現(xiàn)階段冷鏈運(yùn)輸不完善，難以保證鮮香菇產(chǎn)品的貨架品質(zhì)。因此，只適合在省會(huì)城市周邊中高海拔地區(qū)進(jìn)行適度開(kāi)發(fā)性栽培。近期有人采用雙棚結(jié)構(gòu)，在光伏板下種植香菇，小區(qū)試驗(yàn)取得成功，但只是在栽培季節(jié)進(jìn)行。而一般的光伏園區(qū)面積有數(shù)百畝（1 畝≈667 平方米）之大，全部種植香菇，木屑資源、勞動(dòng)力、運(yùn)輸成本、管理成本都是大問(wèn)題。大面積光伏棚下季節(jié)性種香菇，結(jié)局必然難能樂(lè)觀。
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