目前，化學肥料、殺蟲劑、殺菌劑和除草劑等在食用菌生產(chǎn)上廣泛使用。然而，它們的科學正確使用方法還需認真分析。
一、化學肥料在食用菌生產(chǎn)上的應用
化學肥料在食用菌生產(chǎn)上作為一種添加劑，補充個別食用菌種類、個別培養(yǎng)料配方中的某種養(yǎng)分。添加化學肥料要選擇適宜的種類和濃度，濃度過高則對食用菌產(chǎn)生毒害作用，草菇培養(yǎng)料中不能添加尿素。如尿素作為一種營養(yǎng)添加劑可添加到食用菌培養(yǎng)料中，但濃度不可過高，一般添加濃度在0.1%～0.4%之間；尿素濃度大于0.4%，尿素會分解并釋放出氨氣，氨氣抑制食用菌菌絲生長，使食用菌菌絲不吃料，嚴重的會導致食用菌菌絲萎縮死亡。另外，添加尿素就不能添加石灰粉等堿性物質(zhì)，否則會造成氮素損失，且對食用菌菌絲產(chǎn)生毒害作用，嚴重時導致平菇菌絲不生長，甚至死亡。
二、殺菌劑在食用菌生產(chǎn)上的應用
由于在食用菌生長發(fā)育過程中，經(jīng)常會發(fā)生競爭性雜菌和病害，所以殺菌劑在食用菌上應用廣泛。一般在選擇殺菌劑時首先要對癥下藥，先確定是真菌，還是細菌，然后再根據(jù)不同病癥選擇殺菌劑。其次是選擇高效、低毒、低殘留的殺菌劑，防止消費者食用后中毒，高毒、高殘留農(nóng)藥絕對不能使用。再次是注意個別食用菌種類對殺菌劑的敏感性，防止食用菌中毒。如多菌靈是食用菌上廣泛使用的一種高效、低毒、廣譜性內(nèi)吸殺菌劑，在食用菌生產(chǎn)上常用于拌料，一般使用濃度為0.1%～0.2%，而且與等量的敵百蟲或合成洗衣粉混合使用效果更佳。但是多菌靈對猴頭菇、黑木耳、滑菇、銀耳和平菇個別品種有抑制作用，這幾種食用菌則不易使用；而且多菌靈不能與銅制劑和堿性農(nóng)藥混合使用。再如甲醛也是一種廣譜性殺菌劑，在食用菌生產(chǎn)上經(jīng)常用于熏蒸消毒，防治細菌、真菌和線蟲。但是甲醛有一定的毒性和刺激性，并且與人體接觸可致癌。所以在使用甲醛時，首先噴灑人員要戴口罩，消毒后按每立方米空間噴灑25%～28%的氨水38毫升，或放置5克碳酸銨驅(qū)除殘留的甲醛氣體，防止對人體皮膚、眼睛等造成傷害；其次在食用菌發(fā)菌期和出菇期不使用甲醛熏蒸消毒，最好在發(fā)菌室空置時熏蒸消毒，防止食用菌產(chǎn)品殘留甲醛。
三、殺蟲劑在食用菌生產(chǎn)上的應用
食用菌在發(fā)菌和出菇期間因菌絲的特殊氣味而發(fā)生蟲害。食用菌發(fā)生蟲害時，首先要選擇高效、低毒、殘效期短的殺蟲劑，不使用國家禁止使用的六六六、滴滴涕等藥劑。其次是個別種類的殺蟲劑在食用菌出菇期使用易發(fā)生藥害，如食用菌出菇期間使用敵敵畏，子實體呈鼓槌狀，菌傘不能正常展開，或菌蓋向上翻卷，嚴重時造成食用菌子實體死亡，如平菇出菇期噴敵敵畏造成死菇現(xiàn)象。但敵敵畏殘效期短，一般3天即可分解成無毒物質(zhì)，所以大多數(shù)食用菌品種可以使用敵敵畏殺蟲，但一定要注意使用時期和劑量。
四、除草劑在食用菌上的應用
目前除草劑在農(nóng)作物種植上應用廣泛，而在食用菌生產(chǎn)上應用較少，目前只有地栽黑木耳、地栽香菇等選用除草劑防治地面雜草。盡管這樣，也有食用菌在不同程度上受到除草劑的藥害。食用菌生產(chǎn)場地位于室外空閑田地之間，不同的食用菌種類影響程度不同，食用菌出菇期與除草劑噴灑期重疊則受害嚴重，尤其是室外自然條件下出菇（耳、芝）的食用菌影響更大。除草劑除草原理為抑制植物脂肪酸、氨基酸或蛋白質(zhì)合成，抑制植物生長發(fā)育，導致雜草死亡。而食用菌屬于生物，一旦除草劑噴灑到食用菌培養(yǎng)料或子實體上，均可抑制食用菌菌絲生長和子實體發(fā)育，產(chǎn)生藥害。目前所有的食用菌都可遭受除草劑的藥害，預防食用菌產(chǎn)生除草劑藥害的方法是：首先在食用菌栽培場所選地時，避免在農(nóng)田間建造食用菌出菇棚；其次將出菇期與除草劑噴灑期錯開；第三是將藥害較輕的食用菌噴灑“植物動力”等植物生長調(diào)節(jié)劑，減輕除草劑藥害，藥害嚴重的則將子實體采下，進行下潮菇管理。
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