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一、菌種包中心打洞接種，對(duì)保證菌種純度方面，很難做到萬無一失。菌種供氧處前端的菌體部位在長時(shí)間的菌絲繁育培養(yǎng)中，往往會(huì)有一部分雜菌孢子隨著新陳代謝的活動(dòng)，而進(jìn)入到菌體的最外層。雖然未看到有明顯的雜菌存在，但事實(shí)上這些部位確確實(shí)實(shí)有雜菌孢子的存在，并且有些還會(huì)繁育成白色的菌絲侵入到菌絲的體內(nèi)。這種現(xiàn)象在生產(chǎn)中已經(jīng)是確認(rèn)無疑的。凡是用棉花做成的標(biāo)準(zhǔn)棉塞的原種，由于過濾行程較長，雜菌很難進(jìn)入到菌種瓶內(nèi)。但對(duì)于無棉蓋體制成的塑料袋栽培種來說，情況就大不相同，因?yàn)樗鼈兛刂齐s菌的效果相當(dāng)差，所以這種工藝的應(yīng)用需要我們?cè)谏a(chǎn)中慎重對(duì)待，在接種時(shí)切除菌種供氧處前端的菌體部位就很有必要。

二、接種后的靜養(yǎng)式培養(yǎng)，給雜菌的滋生繁衍創(chuàng)造了條件。要想改變這種局面，除了采用適當(dāng)?shù)乃幬锾幚砼囵B(yǎng)環(huán)境外，加強(qiáng)室內(nèi)的空氣流動(dòng)性是非常必要的。延長通風(fēng)時(shí)間促使幼小菌體健壯地生長，從而達(dá)到抑制雜菌滋生目的，這種管理工藝可稱作為動(dòng)養(yǎng)式管理。但是要注意空氣只能是緩緩地流動(dòng)，這樣才不致于把雜菌直吹進(jìn)菌包內(nèi)。工廠化的通風(fēng)設(shè)施應(yīng)以抽風(fēng)為主，來促使空氣的置換，大功率的風(fēng)機(jī)運(yùn)行，很容易把雜菌孢子直接壓入到袋內(nèi)，易造成污染率增高。動(dòng)養(yǎng)式的管理延長了空氣流動(dòng)的時(shí)間，加強(qiáng)菌種的代謝活動(dòng)，菌種的生長的速度隨之提高，因此它們的抵抗雜菌的能力也就提高了許多。

三、倡導(dǎo)科學(xué)的接種方法和實(shí)施接種車間和冷卻車間的二次噴霧消毒，是降低污染率的重要條件。接種時(shí)挑取菌種只能用鑷子挖取，不可用手直接拿取；挑取后攝子只能插在種子上，種子也只能橫向放在機(jī)車上，這樣會(huì)有利于種子上少帶雜菌。強(qiáng)冷間由于雜菌存量較多，應(yīng)該用消毒液在工作期間進(jìn)行二次以上的噴霧消毒，這樣會(huì)輔助控制雜菌的存活量更低些。 

四、切實(shí)做好自然冷卻間與強(qiáng)冷間的通道封閉工作是控制雜菌存量的重要一環(huán)。

五、找出適合工廠化生產(chǎn)的制種工藝。根據(jù)多年的制種經(jīng)驗(yàn)來分析，糖瓶可用來作母種擴(kuò)繁， 原種一定要用750毫升標(biāo)準(zhǔn)瓶，但對(duì)于這兩種瓶的棉塞必須嚴(yán)格做好。棉塞插入瓶中內(nèi)的長度，應(yīng)不少于2.5㎝，并且松緊度適宜，這樣有利于控制雜菌的侵入，以確保原種的純度。對(duì)于生產(chǎn)種，使用枝條制種模式，污染會(huì)更好控制。 

六、拌料場地的污染源控制，也是有效降低污染率的好辦法。玉米芯料的預(yù)濕，必須遠(yuǎn)離制袋車間，預(yù)濕后的轉(zhuǎn)運(yùn)，就不會(huì)使雜菌飛揚(yáng)。再者可以加入一定的消毒殺菌藥液，再進(jìn)行預(yù)濕處理，經(jīng)處理后再轉(zhuǎn)運(yùn)到拌料場，就會(huì)更安全了。    

七、設(shè)置零污染處理車間，可確保工廠化的良性運(yùn)行。零污染車間基本工藝設(shè)施及流程：每天把菌袋培養(yǎng)間檢出來的污染袋，直接送入到零污染車間，車間內(nèi)由兩臺(tái)機(jī)器運(yùn)作，一個(gè)破袋機(jī)，一臺(tái)裝袋機(jī)，根據(jù)生產(chǎn)量檢查污染多少，安排相關(guān)人員適時(shí)進(jìn)行操作。車間內(nèi)，配備操作用的衣、鞋、帽。操作完畢后，由專業(yè)菌棒轉(zhuǎn)運(yùn)人員運(yùn)到滅菌車間，及時(shí)進(jìn)行滅菌，車間應(yīng)遠(yuǎn)離接種間。車間人員下班后，工作服應(yīng)放在車間內(nèi)，連同車間一起進(jìn)行消毒，以殺滅存留在車間內(nèi)的雜菌孢子。 另外可以在這些廢料中，加入一定量的殺菌藥物，攪拌均勻裝袋，滅菌時(shí)與正常菌包同時(shí)滅菌。