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我院最早的研究所成立于1947年，之后陸續(xù)按照海區(qū)、流域和專業(yè)布局建立了其他研究所。1978年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)正式建院。伴隨著改革開放和漁業(yè)大發(fā)展，我院綜合實(shí)力不斷增強(qiáng)，目前已發(fā)展成為學(xué)科齊全、布局合理、在國(guó)內(nèi)外具有廣泛影響力的國(guó)家級(jí)水產(chǎn)科學(xué)研究機(jī)構(gòu)，成為我國(guó)漁業(yè)科研的國(guó)家隊(duì)和主力軍。

全院現(xiàn)有海區(qū)研究所3個(gè)、流域研究所4個(gè)、專業(yè)研究所2個(gè)、增殖實(shí)驗(yàn)站4個(gè)及院部共14個(gè)單位，與地方共建了5個(gè)研究機(jī)構(gòu)，分布在全國(guó)的12個(gè)省、市。院部設(shè)在北京，設(shè)有13個(gè)職能處室和5個(gè)研究中心。截至2016年末，全院在職職工2833人?？萍既藛T中，擁有高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員743人；擁有中國(guó)工程院院士2人，國(guó)家級(jí)、部級(jí)有突出貢獻(xiàn)專家30人，享有政府特殊津貼專家25人，“新世紀(jì)百千萬人才工程”國(guó)家級(jí)人選8名，農(nóng)業(yè)科研杰出人才22名，院首席科學(xué)家28人，研究生導(dǎo)師395人，已基本形成了由院士、國(guó)家級(jí)專家、部級(jí)專家、院首席科學(xué)家以及中青年優(yōu)秀人才組成的層次結(jié)構(gòu)比較合理的人才隊(duì)伍 。

全院共有國(guó)家實(shí)驗(yàn)室1個(gè)（共建）、國(guó)家地方聯(lián)合工程實(shí)驗(yàn)室1個(gè)、國(guó)際參考實(shí)驗(yàn)室2個(gè)、國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室7個(gè)、農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室11個(gè)、部級(jí)科學(xué)觀測(cè)實(shí)驗(yàn)站9個(gè)、省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室6個(gè)、省級(jí)工程技術(shù)研究中心（工程實(shí)驗(yàn)室）7個(gè)、院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室14個(gè)、院工程技術(shù)研究中心14個(gè)、國(guó)家級(jí)質(zhì)量檢測(cè)中心2個(gè)、部級(jí)質(zhì)量檢測(cè)中心8個(gè)、部級(jí)水產(chǎn)品質(zhì)量安全風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估實(shí)驗(yàn)室7個(gè)、國(guó)家水產(chǎn)品加工技術(shù)研發(fā)（分）中心6個(gè)。擁有國(guó)際水產(chǎn)培訓(xùn)中心2個(gè)，科研實(shí)驗(yàn)及中試基地37個(gè)，擁有“北斗號(hào)”和“南鋒號(hào)”2艘千噸級(jí)海洋科學(xué)調(diào)查船。

全院研究重點(diǎn)為漁業(yè)資源保護(hù)與利用、漁業(yè)生態(tài)環(huán)境、水產(chǎn)生物技術(shù)、水產(chǎn)遺傳育種、水產(chǎn)病害防治、水產(chǎn)養(yǎng)殖技術(shù)、水產(chǎn)加工與產(chǎn)物資源利用、水產(chǎn)品質(zhì)量安全、漁業(yè)工程與裝備、漁業(yè)信息與發(fā)展戰(zhàn)略等十大領(lǐng)域。

長(zhǎng)期以來，全院科技工作者攻克了漁業(yè)發(fā)展中的一系列基礎(chǔ)性、關(guān)鍵性技術(shù)難題，取得了一大批對(duì)產(chǎn)業(yè)發(fā)展具有較大推動(dòng)作用的成果。建院以來，共取得各類科研成果3800多項(xiàng)，有700多項(xiàng)成果獲國(guó)家和省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)，其中國(guó)家獎(jiǎng)58項(xiàng)，全院以占全國(guó)水產(chǎn)科研單位20%左右的科技人員，獲國(guó)家和農(nóng)業(yè)部獎(jiǎng)的成果數(shù)量占全國(guó)水產(chǎn)行業(yè)的50%以上。

全院已與世界上70多個(gè)國(guó)家和國(guó)際組織的有關(guān)單位建立了密切的合作關(guān)系，為100多個(gè)國(guó)家和地區(qū)培訓(xùn)了2000多名高級(jí)水產(chǎn)技術(shù)和管理人才。