中國科學院微生物研究所是國內(nèi)最大的綜合性微生物學研究機構(gòu)，從事微生物學基礎(chǔ)和應用研究。微生物所成立于1958年12月3日，所址位于北京市海淀區(qū)中關(guān)村。2007年，微生物所的大部分從中關(guān)村遷至朝陽區(qū)中國科學院奧運村生命科學園區(qū)。
微生物所是由戴芳瀾先生領(lǐng)導的中國科學院應用真菌學研究所和方心芳先生領(lǐng)導的中國科學院北京微生物研究室合并而成。微生物所的誕生，揭開了我國微生物學研究的新篇章。
1958年至1976年的18年間，研究所先后成立了八個研究室：真菌研究室、病毒研究室、生理生化研究室、生物物理研究室、遺傳研究室、農(nóng)業(yè)微生物研究室、工業(yè)微生物研究室和地微生物研究室。在我國微生物資源調(diào)查、微生物生理代謝、微生物遺傳變異等方面做了大量工作，在工業(yè)微生物學、地微生物學、霉腐微生物學、抗生素與拮抗微生物方面，結(jié)合國民經(jīng)濟發(fā)展的需求，篩選出一大批適合于應用的優(yōu)良菌種，解決了工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的諸多實際問題?！?
1978年，按照中國科學院的方向調(diào)整和戰(zhàn)略部署，研究所重新確立發(fā)展思路和學科布局，對學科領(lǐng)域和研究室設(shè)置進行了調(diào)整和重組，組建了八個研究室：真菌分類研究室、細菌分類研究室、病毒研究室、微生物生態(tài)研究室、微生物代謝研究室、微生物酶學研究室、微生物遺傳學研究室和微生物菌種保藏研究室，同時建立起一套相對完備的科研支撐系統(tǒng)，包括發(fā)酵中試廠、微生物新技術(shù)室、同位素實驗室和圖書情報室。此后二十年里，微生物所在基礎(chǔ)研究、應用基礎(chǔ)研究和應用開發(fā)研究均有長足進步，取得了一大批對經(jīng)濟、社會發(fā)展具有重大意義的科研成果。
1998年6月，中國科學院知識創(chuàng)新工程正式啟動。2001年8月15日，微生物所整體進入中科院創(chuàng)新試點序列，翻開研究所發(fā)展史上又一嶄新的篇章。微生物所確立了微生物資源、分子微生物學、微生物生物技術(shù)三個主要研究領(lǐng)域，并將科研機構(gòu)相應調(diào)整為微生物資源研究中心、分子微生物學研究中心和微生物生物技術(shù)研究中心。2004年，微生物所將研究領(lǐng)域進一步調(diào)整為微生物資源、工業(yè)微生物和病原微生物三大領(lǐng)域，并重組成立了分屬三大領(lǐng)域的九個研究中心，分別是：微生物資源中心、微生物基因組學聯(lián)合研究中心、極端微生物研究中心、能源與工業(yè)生物技術(shù)中心、微生物代謝工程研究中心、環(huán)境生物技術(shù)中心、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)中心、分子病毒中心和分子免疫中心。
2008年以來，微生物所面向工業(yè)升級、農(nóng)業(yè)發(fā)展、人口健康和環(huán)境保護等方面的國家重大需求，瞄準國際微生物學前沿，積極優(yōu)化學科布局，努力構(gòu)建高效聯(lián)動的創(chuàng)新價值鏈，形成了以微生物資源中心、科學研究體系和技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心為單元的“轉(zhuǎn)化鏈”式科研布局。研究所以微生物資源、微生物生物技術(shù)、病原微生物與免疫為主要研究領(lǐng)域，開展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性、前瞻性研究。
目前，微生物所的科學研究體系由五個研究室組成，它們是微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所共建）、真菌學國家重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室。擁有亞洲最大的48萬多份標本的菌物標本館和國內(nèi)最大的含4萬1千余株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物資源中心（IMCAS-BRC），大型儀器中心和生物安全三級實驗室等技術(shù)支撐平臺，擁有一個藏書（刊）5萬余冊的專業(yè)性圖書館及擁有2萬余冊電子書、9000多種中西文電子期刊的電子圖書館。目前掛靠微生物所的單位有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會3個國家級學會，微生物所與相關(guān)學會共同主持編輯出版的學術(shù)刊物有《微生物學報》、《微生物學通報》、《菌物學報》及《生物工程學報》（中英文版）。
微生物所現(xiàn)有在編職工490人，其中科研人員416人，包括中國科學院院士7人，國家杰出青年基金獲得者11人，中國科學院百人計劃27人，國家千人計劃（青年項目）3人。共有在學研究生513人，在站博士后57人。
經(jīng)過50多年的不懈努力，微生物所已經(jīng)發(fā)展成為一個具有雄厚基礎(chǔ)、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學研究機構(gòu)，也是國內(nèi)學科最齊全的微生物學專業(yè)機構(gòu)。
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