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　　黑龍江省科學院微生物研究所成立于1959年9月9日，原名中國科學院林業(yè)土壤研究所生物分所，后隸屬于中國科學院東北分院，1971年轉(zhuǎn)屬黑龍江省，后又歸屬黑龍江省科學院。黑龍江省科學院微生物研究所是從事生物工程技術(shù)、微生物等方面的基礎(chǔ)性研究與科技開發(fā)的綜合性科研機構(gòu)。在基因工程技術(shù)、生物質(zhì)能源、食用菌菌種保藏與應(yīng)用、廢水微生物處理、生物肥料、生物農(nóng)藥、微生物保健品、固液綜合配套發(fā)酵技術(shù)等領(lǐng)域形成了專業(yè)特色和技術(shù)優(yōu)勢。長期承擔國家五年計劃項目、"863" 計劃項目、國家自然基金項目和各部委、省市科研項目，已取得300余項科技成果，其中國家、部委項目45項及省重點項目57項，成果達國際先進水平以上29項。獲國家科技進步獎6項、省部級科技進步獎30項，發(fā)表一級以上學術(shù)論文700余篇，申請專利50余項，出版專著10余部。其中“靈桿菌素”、“金葡菌素”、“復合氨基酸”、“微生物肥料系列產(chǎn)品”、“微生物農(nóng)藥系列產(chǎn)品”、“光合細菌系列產(chǎn)品”、“食用菌系列產(chǎn)品”等科研成果在生產(chǎn)中應(yīng)用，取得了可觀的經(jīng)濟效益和巨大的社會效益。
　　研究所現(xiàn)有固定資產(chǎn)2000余萬元，已形成科研創(chuàng)新、產(chǎn)品開發(fā)和后勤服務(wù)的合理布局：生物工程重點實驗室、資源與環(huán)境微生物研究室、應(yīng)用醫(yī)學微生物研究室、食用菌研究中心四個研究部門和衛(wèi)生部綠膿桿菌專業(yè)實驗室、黑龍江省生物工程重點實驗室、黑龍江省發(fā)酵工程技術(shù)研究中心、黑龍江省食用菌中試基地、黑龍江省菌種保藏中心以及黑龍江省科學院生物肥料研究中心等一系列研發(fā)平臺組成了涵蓋微生物上下游技術(shù)研究的科研創(chuàng)新體系；高新技術(shù)企業(yè)龍?zhí)┥锛夹g(shù)有限開發(fā)公司、波塞冬經(jīng)貿(mào)公司組建了產(chǎn)品開發(fā)推廣的網(wǎng)絡(luò)模式；科研業(yè)務(wù)部、資產(chǎn)財務(wù)部、人事政工部、行政后勤部、科技信息部等提供了有力的后勤服務(wù)保障。各體系的良好運行成為持續(xù)發(fā)展的有力支撐。
　　擁有微生物學及微生物藥物學兩個省級重點學科、1個省級博士后產(chǎn)業(yè)化基地（2004年經(jīng)省人事廳批準的生物工程博士后產(chǎn)業(yè)基地）和1個碩士學位授予點（2001年與黑龍江大學聯(lián)合創(chuàng)辦生物化學與分子生物學專業(yè)碩士學位授予點）。
　　黑龍江省科學院微生物所為黑龍江省生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展發(fā)揮著重要作用。由研究所和兩個省級學會主辦的中文核心期刊《生物技術(shù)》向國內(nèi)外公開發(fā)行；黑龍江省微生物學會、黑龍江省生物工程學會、黑龍江省生物制品技術(shù)質(zhì)量監(jiān)督檢驗站、黑龍江省菌種保藏委員會、黑龍江省食用菌標準化技術(shù)委員會、哈爾濱市道里區(qū)生產(chǎn)力促進中心等公益性機構(gòu)均駐在所內(nèi)。 　　
　　研究所在抓科研開發(fā)工作的同時，大力開展精神文明建設(shè)，連續(xù)多年被評為省級雙文明建設(shè)先進單位。自1998年被黑龍江省委、省政府授予省級"文明單位標兵"后，2004年、2010年再次被評為省級“文明單位標兵”。