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　　黑龍江省科學(xué)院微生物研究所成立于1959年9月9日，原名中國(guó)科學(xué)院林業(yè)土壤研究所生物分所，后隸屬于中國(guó)科學(xué)院東北分院，1971年轉(zhuǎn)屬黑龍江省，后又歸屬黑龍江省科學(xué)院。黑龍江省科學(xué)院微生物研究所是從事生物工程技術(shù)、微生物等方面的基礎(chǔ)性研究與科技開發(fā)的綜合性科研機(jī)構(gòu)。在基因工程技術(shù)、生物質(zhì)能源、食用菌菌種保藏與應(yīng)用、廢水微生物處理、生物肥料、生物農(nóng)藥、微生物保健品、固液綜合配套發(fā)酵技術(shù)等領(lǐng)域形成了專業(yè)特色和技術(shù)優(yōu)勢(shì)。長(zhǎng)期承擔(dān)國(guó)家五年計(jì)劃項(xiàng)目、"863" 計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家自然基金項(xiàng)目和各部委、省市科研項(xiàng)目，已取得300余項(xiàng)科技成果，其中國(guó)家、部委項(xiàng)目45項(xiàng)及省重點(diǎn)項(xiàng)目57項(xiàng)，成果達(dá)國(guó)際先進(jìn)水平以上29項(xiàng)。獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)6項(xiàng)、省部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)30項(xiàng)，發(fā)表一級(jí)以上學(xué)術(shù)論文700余篇，申請(qǐng)專利50余項(xiàng)，出版專著10余部。其中“靈桿菌素”、“金葡菌素”、“復(fù)合氨基酸”、“微生物肥料系列產(chǎn)品”、“微生物農(nóng)藥系列產(chǎn)品”、“光合細(xì)菌系列產(chǎn)品”、“食用菌系列產(chǎn)品”等科研成果在生產(chǎn)中應(yīng)用，取得了可觀的經(jīng)濟(jì)效益和巨大的社會(huì)效益。
　　研究所現(xiàn)有固定資產(chǎn)2000余萬(wàn)元，已形成科研創(chuàng)新、產(chǎn)品開發(fā)和后勤服務(wù)的合理布局：生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、資源與環(huán)境微生物研究室、應(yīng)用醫(yī)學(xué)微生物研究室、食用菌研究中心四個(gè)研究部門和衛(wèi)生部綠膿桿菌專業(yè)實(shí)驗(yàn)室、黑龍江省生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、黑龍江省發(fā)酵工程技術(shù)研究中心、黑龍江省食用菌中試基地、黑龍江省菌種保藏中心以及黑龍江省科學(xué)院生物肥料研究中心等一系列研發(fā)平臺(tái)組成了涵蓋微生物上下游技術(shù)研究的科研創(chuàng)新體系；高新技術(shù)企業(yè)龍?zhí)┥锛夹g(shù)有限開發(fā)公司、波塞冬經(jīng)貿(mào)公司組建了產(chǎn)品開發(fā)推廣的網(wǎng)絡(luò)模式；科研業(yè)務(wù)部、資產(chǎn)財(cái)務(wù)部、人事政工部、行政后勤部、科技信息部等提供了有力的后勤服務(wù)保障。各體系的良好運(yùn)行成為持續(xù)發(fā)展的有力支撐。
　　擁有微生物學(xué)及微生物藥物學(xué)兩個(gè)省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科、1個(gè)省級(jí)博士后產(chǎn)業(yè)化基地（2004年經(jīng)省人事廳批準(zhǔn)的生物工程博士后產(chǎn)業(yè)基地）和1個(gè)碩士學(xué)位授予點(diǎn)（2001年與黑龍江大學(xué)聯(lián)合創(chuàng)辦生物化學(xué)與分子生物學(xué)專業(yè)碩士學(xué)位授予點(diǎn)）。
　　黑龍江省科學(xué)院微生物所為黑龍江省生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展發(fā)揮著重要作用。由研究所和兩個(gè)省級(jí)學(xué)會(huì)主辦的中文核心期刊《生物技術(shù)》向國(guó)內(nèi)外公開發(fā)行；黑龍江省微生物學(xué)會(huì)、黑龍江省生物工程學(xué)會(huì)、黑龍江省生物制品技術(shù)質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)站、黑龍江省菌種保藏委員會(huì)、黑龍江省食用菌標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)、哈爾濱市道里區(qū)生產(chǎn)力促進(jìn)中心等公益性機(jī)構(gòu)均駐在所內(nèi)。 　　
　　研究所在抓科研開發(fā)工作的同時(shí)，大力開展精神文明建設(shè)，連續(xù)多年被評(píng)為省級(jí)雙文明建設(shè)先進(jìn)單位。自1998年被黑龍江省委、省政府授予省級(jí)"文明單位標(biāo)兵"后，2004年、2010年再次被評(píng)為省級(jí)“文明單位標(biāo)兵”。