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　　中國(guó)科學(xué)院微生物研究所是國(guó)內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機(jī)構(gòu)，從事微生物學(xué)基礎(chǔ)和應(yīng)用研究。微生物所成立于1958年12月3日，所址位于北京市海淀區(qū)中關(guān)村。2007年，微生物所的大部分從中關(guān)村遷至朝陽(yáng)區(qū)中國(guó)科學(xué)院奧運(yùn)村生命科學(xué)園區(qū)。
　　微生物所是由戴芳瀾先生領(lǐng)導(dǎo)的中國(guó)科學(xué)院應(yīng)用真菌學(xué)研究所和方心芳先生領(lǐng)導(dǎo)的中國(guó)科學(xué)院北京微生物研究室合并而成。微生物所的誕生，揭開(kāi)了我國(guó)微生物學(xué)研究的新篇章。
　　1958年至1976年的18年間，研究所先后成立了八個(gè)研究室：真菌研究室、病毒研究室、生理生化研究室、生物物理研究室、遺傳研究室、農(nóng)業(yè)微生物研究室、工業(yè)微生物研究室和地微生物研究室。在我國(guó)微生物資源調(diào)查、微生物生理代謝、微生物遺傳變異等方面做了大量工作，在工業(yè)微生物學(xué)、地微生物學(xué)、霉腐微生物學(xué)、抗生素與拮抗微生物方面，結(jié)合國(guó)民經(jīng)濟(jì)發(fā)展的需求，篩選出一大批適合于應(yīng)用的優(yōu)良菌種，解決了工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的諸多實(shí)際問(wèn)題?！?nbsp;
　　1978年，按照中國(guó)科學(xué)院的方向調(diào)整和戰(zhàn)略部署，研究所重新確立發(fā)展思路和學(xué)科布局，對(duì)學(xué)科領(lǐng)域和研究室設(shè)置進(jìn)行了調(diào)整和重組，組建了八個(gè)研究室：真菌分類研究室、細(xì)菌分類研究室、病毒研究室、微生物生態(tài)研究室、微生物代謝研究室、微生物酶學(xué)研究室、微生物遺傳學(xué)研究室和微生物菌種保藏研究室，同時(shí)建立起一套相對(duì)完備的科研支撐系統(tǒng)，包括發(fā)酵中試廠、微生物新技術(shù)室、同位素實(shí)驗(yàn)室和圖書(shū)情報(bào)室。此后二十年里，微生物所在基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和應(yīng)用開(kāi)發(fā)研究均有長(zhǎng)足進(jìn)步，取得了一大批對(duì)經(jīng)濟(jì)、社會(huì)發(fā)展具有重大意義的科研成果。
　　1998年6月，中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程正式啟動(dòng)。2001年8月15日，微生物所整體進(jìn)入中科院創(chuàng)新試點(diǎn)序列，翻開(kāi)研究所發(fā)展史上又一嶄新的篇章。微生物所確立了微生物資源、分子微生物學(xué)、微生物生物技術(shù)三個(gè)主要研究領(lǐng)域，并將科研機(jī)構(gòu)相應(yīng)調(diào)整為微生物資源研究中心、分子微生物學(xué)研究中心和微生物生物技術(shù)研究中心。2004年，微生物所將研究領(lǐng)域進(jìn)一步調(diào)整為微生物資源、工業(yè)微生物和病原微生物三大領(lǐng)域，并重組成立了分屬三大領(lǐng)域的九個(gè)研究中心，分別是：微生物資源中心、微生物基因組學(xué)聯(lián)合研究中心、極端微生物研究中心、能源與工業(yè)生物技術(shù)中心、微生物代謝工程研究中心、環(huán)境生物技術(shù)中心、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)中心、分子病毒中心和分子免疫中心。
　　2008年以來(lái)，微生物所面向工業(yè)升級(jí)、農(nóng)業(yè)發(fā)展、人口健康和環(huán)境保護(hù)等方面的國(guó)家重大需求，瞄準(zhǔn)國(guó)際微生物學(xué)前沿，積極優(yōu)化學(xué)科布局，努力構(gòu)建高效聯(lián)動(dòng)的創(chuàng)新價(jià)值鏈，形成了以微生物資源中心、科學(xué)研究體系和技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化中心為單元的“轉(zhuǎn)化鏈”式科研布局。研究所以微生物資源、微生物生物技術(shù)、病原微生物與免疫為主要研究領(lǐng)域，開(kāi)展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性、前瞻性研究。
　　目前，微生物所的科學(xué)研究體系由五個(gè)研究室組成，它們是微生物資源前期開(kāi)發(fā)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、植物基因組學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（與中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所共建）、真菌學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院病原微生物與免疫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院微生物生理與代謝工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。擁有亞洲最大的48萬(wàn)多份標(biāo)本的菌物標(biāo)本館和國(guó)內(nèi)最大的含4萬(wàn)1千余株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物資源中心（IMCAS-BRC），大型儀器中心和生物安全三級(jí)實(shí)驗(yàn)室等技術(shù)支撐平臺(tái)，擁有一個(gè)藏書(shū)（刊）5萬(wàn)余冊(cè)的專業(yè)性圖書(shū)館及擁有2萬(wàn)余冊(cè)電子書(shū)、9000多種中西文電子期刊的電子圖書(shū)館。目前掛靠微生物所的單位有中國(guó)微生物學(xué)會(huì)、中國(guó)菌物學(xué)會(huì)、中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)3個(gè)國(guó)家級(jí)學(xué)會(huì)，微生物所與相關(guān)學(xué)會(huì)共同主持編輯出版的學(xué)術(shù)刊物有《微生物學(xué)報(bào)》、《微生物學(xué)通報(bào)》、《菌物學(xué)報(bào)》及《生物工程學(xué)報(bào)》（中英文版）。
　　微生物所現(xiàn)有在編職工490人，其中科研人員416人，包括中國(guó)科學(xué)院院士7人，國(guó)家杰出青年基金獲得者11人，中國(guó)科學(xué)院百人計(jì)劃27人，國(guó)家千人計(jì)劃（青年項(xiàng)目）3人。共有在學(xué)研究生513人，在站博士后57人。
　　經(jīng)過(guò)50多年的不懈努力，微生物所已經(jīng)發(fā)展成為一個(gè)具有雄厚基礎(chǔ)、強(qiáng)大實(shí)力和廣泛影響的綜合性微生物學(xué)研究機(jī)構(gòu)，也是國(guó)內(nèi)學(xué)科最齊全的微生物學(xué)專業(yè)機(jī)構(gòu)。